土壤是微生物生活的最好的場所。土壤具有微生物生長所需要的各種條件。首先，土壤中有豐富的有機質，能為微生物提供碳源、氮源和能量；同時也有豐富的無機礦物質，為微生物的生長提供礦物養料。土壤的良好持水性，保證了微生物生長繁殖所需要的水分。土壤的多孔性貯留了許多空氣，能滿足好氣性微生物的需求。另外，土壤的酸堿度接近中性，滲透壓在3～6大氣壓之間，與微生物生長繁殖所要求的相似。土壤中，溫度相對穩定。這些，都能滿足微生物生長繁殖的要求。因而土壤事實上是“微生物天然的培養基”。在這里微生物的種類最多，數量也最大，據估測，通常一克肥土含有幾億至幾十億個微生物。貧瘠的土壤每克所含的微生物量也在幾百萬至幾千萬之多。其中既有非細胞形態的微生物，也有細胞形態的微生物及藻類和原生動物。

　　土壤微生物，以細菌為最多，通常占土壤微生物總數量的70％～90％，主要是腐生性菌，少數是自養性的。細菌雖小，但由于數量多，所以生物量也高，所謂生物量，是指單位體積中，活細胞的重量。據估計，土壤中細菌的生物量，若以每畝半尺深耕作層的土壤重30萬斤計，則每畝土壤的這一深度內細菌的活重為180～460斤。以土壤有機質含量為3％計算，則所含細菌的干重約為土壤有機質的1％左右，而占土壤重量的萬分之三左右。由于它們個體小，數量大，與土壤接觸的表面積特別大，成為土壤中最大的生命活動面，也是最活躍的生活因素，時刻不停地進行著與周圍環境的物質交換。

　　土壤類型不同，土層深度不同，季節的不同，降水量的多寡，土壤反應，耕作制度等都對細菌的分布和活動產生影響。一般來說，富含有機質的黑鈣士比有機質缺乏的灰化土含有的細菌要多。表層土中的數目和種類也都比深層土中多。特別是硝化細菌、纖維分解菌和非共生固氮菌等更是隨土層深度的增加而急劇減少。土壤中有機質的礦化以春秋兩季最甚，因而菌數也會相應增加。土壤中含有的空氣和水分是對立的，降雨量過多，礙及通氣，好氧性細菌的數量會減少。土壤過酸或過堿對很多細菌的生長都是很不利的。耕作可以改善土壤中空氣和水的狀況，促進好氧性菌的活動，有利于有機質的分解。

　　土壤中放線菌的數量也很大，僅次于細菌，每克土壤含有幾百萬到幾千萬的菌體和孢子，約占土壤中微生物總數的5％～30％。它們多喜歡堿性富含有機質的溫暖的土壤。放線菌數量雖比細菌少，但由于體積大，比細菌大幾十倍到幾百倍，所以，在土壤中的生物量并不低于細菌。放線菌耐干燥能力較細菌要強，能存在于干燥的土壤乃至沙漠中，它們隨土壤深度的增加而減少的速度比細菌慢，因此，深層土壤中放線菌往往比其他微生物要多。

　　真菌主要分布在土壤的表層，由于它們喜酸性，因此，在酸性森林土壤中更多。真菌在數量上要比細菌和放線菌要少，每克土壤只含幾萬至幾十萬個，但由于其菌絲很粗，個體體積較細菌和放線菌大，所以它們的生物量也不少。土壤中真菌含有霉菌、酵母菌和擔子菌等。這些真菌往往具有很強的分解能力，有不少真菌能分解許多微生物所不能分解的纖維素、木質素等物質，從而有助于改善土壤的結構，提高土壤肥力。

　　此外，土壤中還含有藻類和原生動物。藻類具有光合色素，能通過光合作用，增加土壤中的有機物。原生動物是土壤中異養的小動物，它們吞食各種有機物、藻類和菌類，它們對土壤中的物質轉化和在藻類、菌類數量調節方面起著很大的作用。

　　由上述可見，土壤中微生物的數量是極為龐大的，其數量和種類遠遠超過任何高等生物量。那么這許許多多名不見經傳，極不起眼又極不平常的小小生物到底有什么用呢？

　　事實上，微生物是極為有用的，它們在土壤的形成，自然界中的物質轉化，以及對動植物的生長都有巨大的作用。

　　地球的表面最初也是由各種巖石所組成的，這表層的巖石經風吹、日曬、雨淋等自然力的作用下逐漸風化，形成巖石碎粒。而在這同時，表層土壤也有了一些原始的微生物，這些微生物有許多是自養型的固氮微生物，它們能利用巖石碎粒中的無機鹽來提供能量，進行生長繁殖，并能把空氣中游離的處于穩定狀態的n2固定下來，使原始的土壤中有了能供植物利用的氮源。這樣，各種植物開始在土壤中生長，植物的生長又進一步改善土壤的結構和物質的組成。而植物的生長又引來了許多動物的定居。植物的枯枝敗葉，動物的排泄物、分泌物、尸體最終落到土壤中，而土壤中另一些微生物把這些富含有機物的動植物殘體和廢物進行分解，由此，產生了構成土壤最重要的一層成分--腐殖質，這是一層黑色的，具有粘性的，有活力的土壤有機成分。有了它，土壤才具有良好的團粒性和能保持持久的肥力，所以成熟的土壤是由來自巖石的礦物質、水、空氣，來自動植物的有機物和微生物所組成的混和體。腐殖質則是有機物和微生物的混和物，是土壤最重要的組成成分。