清朝輔政的親王多爾袞接到吳三桂的求救信，覺得機會來到，立刻回信同意。接著，他親自帶著十幾萬清兵，日夜不停地向山海關進兵。

　　清軍到了山海關下，吳三桂已經迫不及待地帶著五百個親兵出關迎接多爾袞。他見了多爾袞，卑躬屈膝地哀求多爾袞幫他報仇。多爾袞自然順水推舟地答應。吳三桂把多爾袞請進關里，大擺酒宴，殺了白馬烏牛，祭拜天地，訂立了同盟。

　　李自成大軍從南面開到山海關邊。二十多萬起義軍，依山靠海，擺開浩浩蕩蕩的一字陣，一眼望不到邊。老奸巨猾的多爾袞從城頭望見起義軍陣容堅強，料想不容易對付，就讓吳三桂打先鋒，叫清軍埋伏起來，自己和幾名清將遠遠躲在后面的山頭觀戰。

　　戰斗開始了，李自成騎著馬登上西出指揮作戰。吳三桂帶兵一出城，起義軍的左右兩翼合圍包抄，把吳三桂和他的隊伍團團圍住。明兵東竄西突，沖不出重圍；起義軍個個血戰，喊殺聲震天動地。

　　正在雙方激烈戰斗的時候，不料海邊一陣狂風，把地面上的塵沙刮起，一霎時，天昏地黑，對面見不到人。多爾袞看準時機，命令埋伏在陣后的幾萬清兵一起出動，向起義軍突然襲擊。起義軍毫無防備，也弄不清是哪兒來的敵人，心里一慌張，陣勢也就亂了。直到風定下來，天色轉晴，才看清楚對手是留著辮子的清兵。

　　李自成在西山上發現清兵已經進關，想穩住陣腳，指揮抵抗，已經來不及了，只好傳令后撤。多爾袞和吳三桂的隊伍里外夾擊，起義軍遭到慘重失敗。

　　李自成帶領將士邊戰邊退。吳三桂仗著清兵的勢，在后面緊緊追趕。起義軍回到北京，兵力已經大大削弱。

　　李自成回北京后，在皇宮大殿里舉行即位典禮，接受官員的朝見。第二天一清早就率領起義軍，離開北京，向西安撤退。

　　李自成離開北京的第三天，多爾袞帶領清兵，耀武揚威地開進北京城。公元１６４４年十月，多爾袞把順治帝從沈陽接到北京，把北京作為清朝國都。打那時候起，清王朝就開始在中國建立了它的統治。

　　第二年，清朝分兵兩路攻打西安。一路由阿濟格和吳三桂、尚可喜率領，一路由多鐸（音ｄｕó）和孔有德率領。李自成率領農民軍在潼關抗擊清軍，經過激烈戰斗，終于被迫放棄西安，向襄陽轉移。過了幾個月，農民軍在湖北通山縣九宮山，遭到當地地主武裝襲擊，李自成戰敗犧牲。

　　李自成退出北京后，張獻忠在四川稱帝，國號大西，繼續抗擊清軍。到公元１６４７年，清軍進四川，張獻忠在川北西充的鳳凰山的一場戰斗中，中箭死去。這樣明朝末年的兩支主要起義軍都失敗了。