歷史書記載的有關華佗治病的傳說還有很多。據說，有個太守生病，請了許多醫生診治都沒治好。華佗診治以后，認為這種病只有讓病人發怒，才能治好。他故意向病人索取很貴的診費，卻拖拖拉拉不認真給他開方抓藥，過了幾天，竟不告而別，還留下一封信罵太守得了病是自作自受。

　　太守果然大怒，立刻派人追捕華佗。太守的兒子知道華佗用意，暗暗叮囑家人不要去抓華佗。太守聽說抓不到華佗，更加怒氣沖天，一氣之下，嘔出幾口黑血。不想這一嘔，病反而好了。

　　曹操一直患頭風病。一遇到工作緊張，頭風病發作，痛得受不了。他聽說華佗的醫術高明，就把華佗請來，華佗扎了幾針，頭痛就止了。曹操不肯放他，把他留下來做了隨從醫官，好隨時給他治病。

　　華佗雖然樂于幫助人，熱心給人們治病，但他卻不愿一直呆在曹操身邊，給一個人管藥箱。有一次，他借口回家探親，順便去取點藥，曹操沒有懷疑，讓華佗走了。

　　華佗回到家里，托人給曹操捎了一封信，說他妻子病得厲害，一時回不了許都。曹操一再催促，華佗還是拖著不去；

　　曹操又命令郡縣官吏去催，也碰了軟釘子。

　　這一來可惹惱了曹操。曹操派個使者到譙縣去調查。并告訴使者，如果調查下來，華佗妻子確實有病，就送他四十斛（斛，音ｈú，古代以十斗為一斛）小豆，聽任華佗推遲假期；要是華佗謊言搪塞，就把華佗抓來。

　　調查結果，華佗被抓走了。

　　曹操把華佗抓到許都，他認為華佗故意違抗他的命令，是大逆不道的行為，下令把華佗處死。

　　謀士荀彧認為這個處刑太重了，勸曹操說：“華佗醫術高明，他一死，牽涉到許多人的生命，希望丞相從寬發落。”

　　曹操本來也是個愛惜人才的人，自從他打敗了袁紹后，有點驕傲起來；再說，他正在氣頭上，哪肯聽荀彧的勸阻，氣呼呼地說：“哼，我不怕天下就沒有像他那樣的醫生。”說完，就派人把華佗殺了。

　　華佗被捕離開家鄉的時候，隨身還帶著一部醫書，這是他根據多少年來積累的經驗寫成的。他本來沒想到得罪曹操竟招來殺身大禍。他覺得自己遭到罪沒法挽回，可是讓這部書湮沒太可惜。臨刑前一天，他把獄吏請來，對他說：“請您把這部書好好保存，將來可以靠它救病人。”

　　那獄吏膽小，怕接了華佗手里這部書，將來曹操追究起來，自己受到牽連，說什么也不肯保管。

　　華佗十分失望，他嘆了口氣，向獄吏要了火種，在監獄里把寶貴的醫書一把火燒毀了。

　　打從華佗死后，曹操發頭風病，就再沒有找到合適的醫生給他治療。但是曹操并不肯承認自己做錯了事，說：“華佗這小子是有心不肯根治我的病，即使我不殺他，也不見得會治好我的病。”直到他的小兒子倉舒死了，他才懊喪萬分。

　　華佗死后，他的幾個學生繼承他的事業，繼續為百姓治病。可惜記下華佗的經驗的那部醫書竟失傳了。