后來，秦始皇又派出大軍五十萬人，平定南方，添設了三個郡；第二年，蒙恬打敗了匈奴，又添了一個郡。這樣，全國總共有四十個郡。

　　公元前２１３年，秦始皇因為開辟了國土，在咸陽宮里舉行了一個慶祝宴會，許多大臣都贊頌秦始皇統一國家的功績。博士淳于越卻重新提出分封制度不能廢除，他認為不按照古代的規矩辦事是行不通的。

　　這時候，李斯已經做了丞相。秦始皇要聽聽他的意見。

　　李斯說：“現在天下已經安定，法令統一。但是有一批讀書人不學現在，卻去學古代，對國家大事亂發議論，在百姓中制造混亂。如果不加禁止，會影響朝廷的威信。”

　　秦始皇采用了李斯的主張，立刻下了一道命令：除了醫藥、種樹等書籍以外，凡是有私藏《詩》、《書》、百家言論的書籍，一概交出來燒掉；誰要是再私下談論這類書，辦死罪；

　　誰要是拿古代的制度來批評現在，滿門抄斬。

　　第二年，有兩個方士（一種用求神仙、煉仙丹騙錢的人）叫做盧生、侯生，在背后議論秦始皇的不是。秦始皇得知這個情況，派人去抓他們，他們早已逃跑了。

　　秦始皇大為惱火，再一查，又發現咸陽有一些儒生也一起議論過他。秦始皇把那些儒生抓來審問。儒生經不起拷打，又東拉西扯地供出一大批人來。秦始皇下令，把那些犯禁嚴重的四百六十多個儒生都埋了，其余犯禁的就流放到邊境去。

　　這就是歷史上所說的“焚書坑儒”事件。

　　秦始皇正在火頭上，大臣們誰也不敢勸他。他的大兒子扶蘇認為這樣處置儒生太嚴厲，勸諫他不要這樣做。這一來，觸怒了秦始皇，命令扶蘇離開咸陽，到北方去和蒙恬一起守邊疆。